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La première abbesse fut Élisabeth I, fille du seigneur d'Acy-en-Multien. C'est elle qui obtint, en 1207, que l'église récemment achevée fut dédicacée par Guérin, évêque de Senlis. Cette même année, les chapitres de Saint Rieul et de Saint Frambourg de Senlis renoncèrent, en faveur du Parc-aux-Dames, à plusieurs droits qu'ils avaient coutume d'exercer dans le canton. On compte une quarantaine d'abbesses après Élisabeth.
En juillet 1235, alors que l'abbesse était Catherine II, Saint Louis visita l'abbaye et lui accorda de prendre chaque semaine, dans la forêt de Retz, trois voitures de bois attelées de trois chevaux. Sous Eustochie II, on refusa l'entrée du couvent aux visiteurs de Citeaux. Ceci entraîna l'interdit de la maison, l'excommunication des religieuses et la déposition de l'abbesse, remplacée, en 1243 par Marie II de Voisnie. Celle-ci obtint du roi Saint Louis une charte délivrée à Crépy, en 1244, portant concession aux dames du Parc, du droit de panage dans le bois de Chaumont. En l'an 1256, le roi leur abandonna la pleine propriété de ce même bois.
Durant les guerres du XIV ème siècle, les Anglais dévastèrent l'abbaye. Ils incendièrent l'église et les lieux réguliers. A cela s'ajouta la famine qui ravageait le pays. Bientôt, il ne resta plus qu'une seule religieuse. Les titres de propriétés furent perdus et la communauté, ruinée, ne se releva jamais complètement d'un tel désastre. Au mois d'Août 1578, Denise II de Barthelemi obtint d'Henri III, des lettres confirmant les privilèges du monastère. Renée I de Vieuxpont, morte en 1614, releva la clôture et rétablit la vie communautaire.
La trente-cinquième abbesse, Marie-Elisabeth Fouquet, soeur de Nicolas Fouquet, contrôleur-général des finances de Louis XIV, profita du crédit de son frère pour embellir les lieux claustraux; elle fit reconstruire les voûtes de l'église, achever et vitrer le cloître, élever un nouvel autel, sur lequel fut placée l'inscription suivante :
Nicolaus Fouquet vice comes Melodunensis, et regis in supremo regni senatu procurator generali et summus oerarii proefectus hoc altare domino oedificavit
Elisabetha Fouquet soror ejus monasterii hujus abbatissa anno domini 1658
Cette abbesse conserva la direction du monastère durant trente ans. En août 1652, elle obtint des lettres-patentes érigeant le Parc-aux-Dames en châtellenie, dont le ressort comprit les justices particulières de Saint-Mard, Magneval et Rouville, avec droit de foire et marché. En mai 1659, s'y ajouta le droit de haute-justice sur la terre d'Auger-Saint-Mard. Anne de Médavy lui succéda. Au bout de treize années de gestion, elle laissa, en 1696, quatre-vingt mille livres de dettes que sa soeur, Marguerite de Médavy abbesse après elle, paya presque en entier grâce à une sage administration continuée jusqu'en 1723.
Lui succédèrent :
Marie-Marguerite Le Pelletier, soeur du premier président au Parlement de Paris, qui démissionna à cause de la pauvreté de l'abbaye. Marguerite de Mornay, nommée le 30 novembre 1724; elle rétablit l'ordre dans la maison, réorganisa le chartrier et mourut, en 1744, en laissant la crosse abbatiale à la prieure du monastère de Morienval. A cette époque, le nombre de religieuses était de trente et un. Françoise Suzanne de Saillant fut la dernière abbesse, installée en 1779. A la Révolution, elle sortit de l'abbaye avec dix religieuses et neuf converses.
A ce moment, les principales propriétés comprenaient les étangs, le moulin, les fermes de Bouville, Rouville, Saint Mard, Villeneuve, Raray, Magneval; des terres à Sacy-le-Grand, Rieux, Séry, Rocquemont, Ermenonville, Oissery; des dixmes sur Villers, Vaucienne, Trumilly, Huleux, Verberie, Monchy-St-Eloi, Lévignen; des redevances en nature sur Pondron, Vaumoise, Thury, Coyolles; cinquante cordes de bois en la forêt de Retz; des rentes sur les domaines d'Amiens, Boulogne, la Ferté-Milon, Crépy, Betz, sur l'Hôtel-de-Ville de Paris, etc... L'ensemble de ces revenus s'élevait, dit-on, à trente-un mille livres.
Les bâtiments claustraux ont été presqu'entièrement démolis, ainsi que l'église dont il ne reste qu'une seule chapelle qui devait former une abside secondaire à côté du choeur. C'est une belle construction à sanctuaire polygone, à grandes lancettes simples sans ornement. La corniche est formée d'une série d'arcatures à plein-cintre, avec des contre-corbeaux et de gros modillons arrondis. Les voûtes ont des nervures semi-cylindriques accompagnées de cannelures et de filets, retenues sur des consoles à petites feuilles.
Selon les auteurs, la comtesse Eléonore était inhumée dans l'église, soit à l'entrée (selon Claude Carlier), soit dans la nef. Des sarcophages en pierre du pays furent retrouvés dans l'enclos de l'abbaye.
Le pèlerinage à Sainte Claire se célébrait tous les ans, les lundis et mardis de la Pentecôte. Ce pèlerinage très fréquenté dans le Valois était réputé pour la guérison des maux d'yeux.
Les vestiges actuels se trouvent dans une propriété privée.